Des del segle XVII es té notícia de l'existència d'un assentament pesquer al voltant de la zona de desembarcament coneguda aleshores per Puerto del Roque. Posteriorment el cabildo insular estableix la denominada Casa del port del Tostón al mateix lloc. És un dels ports d'arribada de la ruta comercial entre Madeira i Fuerteventura. No és fins a mitjans del segle XX quan es generalitza la denominació del Cotillo.
Amb el pas del temps, el port va perdre la condició de comercial i l'escassa població de la zona vivia exclusivament de la pesca. Als anys 1980 apareix el turisme com a alternativa econòmica i augmenta considerablement el nombre d'habitants.
